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Articles - Interview BiOpen :

Et le mac devint biologiste...

par neilime 3 juin 2004

AbOrygen est une jeune société française spécialisée dans la bioinformatique. MacPlus a interviewé l’un de ses fondateurs à l’occasion de la sortie de biOpen, son nouvel outil d’analyse de séquence et de visualisation de structure sous OSX

La bioinformatique est un secteur en plein essor ces dernières années. Pour faire simple, sa raison d’être est l’étude des molécules de la vie à l’aide de l’informatique. La biologie n’est pas une science exacte et sa pratique, quand elle nécessite l’emploi d’ordinateurs, demande de la puissance de calcul. Apple l’a d’ailleurs bien compris en sortant un cluster spécialisé dans le domaine avec plus de 200 logiciels pré-installés. Les plus connus étant des outils de comparaisons de séquences tels que BLAST, Clustal ou Fasta, emblématiques du secteur.

Mais dans le monde du logiciel, quand on a une bonne idée, il y a de la place. C’est probablement pour cela qu’est née dans le sud de la France la société AbOrygen, spécialisée dans la conception de logiciels de bioinformatique. Elle a sorti fin mai, sa première réalisation : biOpen. Il n’existe pour le moment qu’une version MacOS X dudit logiciel et nous avons interrogé l’un des fondateurs de la société : Dominique Colinet, biologiste moléculaire.

Pourriez-vous nous présenter votre jeune société en quelques mots ?

La société AbOrygen a été créée en mars 2004 par Dominique Colinet (biologiste moléculaire), Frédéric Mandrea (développeur informatique spécialisé dans la 3D) et Serge Villa (développeur informatique et chef de projet). Il s’agit d’un des projets soutenus par l’Incubateur PACA-EST. L’objectif de la société AbOrygen est de développer une offre logicielle innovante permettant l’analyse des séquences et des structures des macromolécules biologiques. AbOrygen a lancé officiellement le logiciel biOpen le 25 mai 2004.

Vous êtes cité sur le site d’Apple, avez-vous reçu une quelconque aide ou encouragement de leur part en plus du soutien de l’incubateur PACA-EST ?

Nous avons actuellement plusieurs contacts chez Apple et nous espérons effectivement qu’ils pourront nous aider dans le développement de notre projet.

Sur quels type d’ordinateurs travaillez-vous ?

Nous travaillons sur des ordinateurs Mac : PowerBook, iMac II et eMac.

Sans vouloir paraître abrupte, à première vu, ce logiciel n’est pas d’une totale nouveauté, d’autre outils (parfois gratuits) réalisent le même type de travail que biOpen. En quoi pensez-vous qu’il est innovant ? Et en quoi est-il meilleur que ses concurrents ?

La principale originalité de biOpen réside dans l’utilisation de plug-ins. Ce concept novateur en bioinformatique permet d’intégrer dynamiquement les outils d’analyse au cœur de l’application sous la forme de fonctions externes. Grâce à cette architecture, AbOrygen peut répondre aux principales attentes des utilisateurs :
Modularité dans le choix des outils d’analyse avec un prix adapté aux besoins.
Evolution aisée du logiciel par acquisition de nouvelles fonctions. L’utilisateur peut se constituer sa propre configuration en sélectionnant les outils d’analyse qui lui sont nécessaires. Il ne doit pas s’encombrer de fonctions qui lui sont inutiles, comme c’est le cas chez la plupart des concurrents. En outre, les outils s’intègrent de manière dynamique et transparente dans le coeur du logiciel.

Un autre caractère innovant réside dans le développement d’outils d’analyse spécialisés qu’on ne trouve pas chez la plupart des concurrents. Au lancement de biOpen, nous proposons déjà un outil qui permet d’identifier les sites d’interaction potentiels dans une protéine. (NdlR : En effet, la biologie n’étant pas une science exacte, la prédiction de sites d’interaction est difficilement réalisable.) Nous avons également signé plusieurs contrats de collaboration pour développer de nouveaux outils originaux.

Enfin, en ce qui concerne l’interface, nous essayons continuellement de proposer un certain nombre d’innovations pour faciliter le travail du chercheur : moteur 3D pour visualiser la structure des protéines, affichage et sauvegarde dynamique des résultats, synchronisation des vues, gestion de projets, export graphique pour faciliter la rédaction de rapports, performances et rapidité des analyses...

BiOpen n’est disponible que sous MacOS X pour le moment, pourquoi s’être tourné d’abord vers le Mac ? Le pari n’est-il pas risqué ?

Nous travaillons avec un outil de développement qui nous permet d’être compatible à 90% entre les plate-formes Mac, Windows et Linux. Nous avons choisi de sortir la version Mac OS X dans un premier temps, et cela pour plusieurs raisons :
1. Les chercheurs sont certes moins nombreux sur Mac que sur Windows, cependant ils ont l’avantage de former ce que l’on pourrait appeler un communauté "haut de gamme". Ils connaissent beaucoup mieux leur système d’exploitation, s’intéressent beaucoup plus aux logiciels disponibles pour Mac OS X et sont beaucoup plus enclins à tester de nouveaux logiciels.
2. La concurrence sur Mac est nettement moins importante que sur Windows, ce qui nous permet d’avoir une meilleure visibilité au moment du lancement.
3. Nous sommes nous-mêmes des utilisateurs Mac...

La version de démonstration a-t-elle rencontré le succès espéré ?

Certainement ! En une semaine, nous avons eu un grand nombre de téléchargements de la version de démonstration.

Une version commerciale est-elle d’ores et déjà disponible ? Et dans quelle gamme de prix ?

La version commerciale de biOpen est déjà disponible. Nous proposons à l’utilisateur de sélectionner les outils d’analyse qui l’intéressent et qui seront livrés avec le coeur du logiciel. Le coeur du logiciel est commercialisé au prix de 600 euros, et les premières fonctions d’analyse ont un prix qui va de 50 à 200 euros.

Quelles sont les améliorations prévues pour votre logiciel ?

Nous proposerons dans un futur proche un kit de développement qui permettra à l’utilisateur d’implémenter ses propres algorithmes au logiciel sous la forme de plug-ins. Des fonctions de comparaison seront également développées (BLAST, ClustalW...). Nous travaillons actuellement sur l’éditeur d’alignement qui sera intégré dans le coeur de l’application.

L’alignement peut demander beaucoup de ressources processeur, une optimisation 64 bits ou l’AltiVec est-elle prévue ? BiOpen est prévu pour s’ouvrir vers différents aspects de la bioinformatique et le coeur sera optimisé pour faire face au différents besoins rencontrés. L’optimisation AltiVec est effectivement prévue.

Pour finir, que pensez-vous de la politique actuelle d’Apple concernant le secteur de la bioinformatique ?

L’accueil favorable de MacOS X dans le milieu scientifique et la disponibilités de solutions spécifiques à la bioinformatique nous encouragent à produire des solutions logicielles performantes et spécifiques à cette plateforme. De plus la disponibilité d’un cluster permet d’ouvrir de nouveaux horizons pour nos développements futurs.

Merci d’avoir répondu à nos questions.

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