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Analyse ADN avec TextMate
Catégorie : A classer neilime / 12 avril 2008 à 17:20
Si (presque) tout le monde connaît TextMate un éditeur de texte pour Mac OS X, peu connaissent les possibilités de création de bundle pour ce dernier. Ces bundles créés par des développeurs tiers, permettent de regrouper des macros, des snippets, des modèles, des préférences et des grammaires de langage.
C’est de ces bundles dont s’est servi Daniel A. Sadilek pour développer un outil simple mais pratique d’analyse de séquence ADN. Parmi les options offertes par le bundle, on trouve la possibilité de marquer le cadre de lecture, de traduire en codons la séquence obtenue, d’obtenir le poids des acides aminés récupérés ou encore de comparer deux séquences. Toujours dans les basiques, les outils Needle (pour l’alignement de Needleman et Wunsch) et water (pour l’alignement de Smith et Waterman) issus d’EMBOSS ont également été intégrés.
A télécharger puis à déplacer sur l’icône de TextMate pour l’installer.
DNA Sequence Analysis with TextMate - Contenu anglais
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